法律分析：水利基金的计税依据是不含税收入也就是以增值税销售额作为计税依据。水利基金属于地方性政策，有的地方征收，也有的地方不征收。对于水利建设基金的税率，各地还是存在很大的自主性，因此也存在着很大的差异。
1. 以增值税销售额作为计税依据。
销售额顾名思义就是企业的不含税销售额。
（1）销售额计算：销售额售量×平均销售价格。
（2）不含税销售额：不含税销售额税销售额/(1+税率或征收率)。
（3） 增值税：应纳税额项税额-进项税额。
法律依据：《水利建设基金筹集和使用管理办法》
第五条 中央水利建设基金的提取办法按照财政部有关规定执行。地方水利建设基金提取和划转办法按照省、自治区、直辖市人民政府的规定执行。财政部要进一步完善各省、自治区、直辖市向企事业单位和个体经营者征收水利建设基金的政策。
第六条 水利建设基金按下列规定安排使用（一）中央水利建设基金专项用于：关系经济社会发展全局的防洪和水资源配置工程建设及其他经国务院批准的水利工程建设；中央水利工程维修养护；防汛应急度汛。
资金使用结构为：55％用于水利工程建设；30％用于水利工程维修养护；15％用于应急度汛，各部分资金结余可统筹安排使用。
(二)地方水利建设基金专项用于:大江大河主要支流、中小河流、湖泊治理险水库除险加固市防洪设施建设方水资源配置工程建设方重点水土流失防治工程建设村饮水和灌区节水改造工程建设方水利工程维修养护和更新改造汛应急度汛他经省级人民政府批准的水利工程项目。
第七条 水利建设基金收支纳入政府性基金预算管理，实行专款专用，年终结余结转下年度安排使用。
各级水行政主管部门根据水利建设规划，编制年度水建设基金支出预算，经同级财政部门审核后，纳入政府性基金预算。财政部门根据批准的水利建设基金预算和基金实际征收入库情况拨付资金。其中，水利建设基金用于固定资产投资项目，要纳入固定资产投资计划。
各级水行政主管部门根据年度水利建设基金预算执行情况，编制水利建设基金决算，报同级财政部门审核。
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