一、来源不同
CDNA：CDNA是以mRNA为模板,在适当引物的存在下,由mRNA经过反转录而得到的DNA，是mRNA链互补的DNA链。
基因组DNA：基因组DNA是指整套人类基因结构，控制着人类从一个单个细胞到一个复杂整体的发育。
二、所属细胞类型不同
CDNA：CDNA的基因可以来自于原核细胞，也可以来自于真核细胞。
基因组DNA：基因组DNA是指人类基因，属于真核细胞。
三、结构不同
CDNA：cDNA内部已无内含子等结构。
基因组DNA：基因组DNA通常存在内含子等结构。
扩展资料
二代测序均是先将RNA反转录组成cDNA再进行测序的。mRNA，并不是严格意义上的基因，而是基因信息的载体，称作Messenger RNA (mRNA)，即信使核糖核酸。
“基因”是指负载特定生物遗传信息，能够产生一条多肽链或功能RNA所必需的DNA分子片段，不但包括编码区，还包括5'-端和3'-端两侧特异性序列，虽然这些序列不编码氨基酸，但在基因表达的过程中起着重要的作用。
百度百科-CDNA
百度百科-基因组DNA
两类文库的构建方法和目的的不同决定了其基因的分离和提取难易度不同。
基因组文库的部分基因（特别是不能表达形成mRNA的非酶切部分）很难通过某种方法从基因组文库中分离出来，从而影响了它们在物种间交流的可能性。
cDNA的基因中没有内含子、启动子和终止子。（最关键的原因）
基因工程中，如果用原核生物作为受体细胞,目的基因是来自真核生物的基因组文库的基因,真核生物的基因组文库的基因含有内含子,在原核生物体内没有内含子剪切酶,就不行,如果目的基因来自真核生物的cDNA文库的基因,其基因没有内含子,就可以用.
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